通過對物流系統的特征及其安全特性的分析，物流安全的指導思想主要有以下幾方面。
1．系統安全思想
物流是為實現特定目標而由多個不相同的結構、功能和要素有機組成的系統。物流系統的組成要素復雜、多元，要實現物流系統安全，就必須貫徹系統安全思想，將復雜的要素以系統的方式進行分析，才能實現物流系統的整體安全，實現最大的社會和經濟效益。
2．實踐思想
實踐觀點是馬克思主義哲學的理論基礎，其哲學的根本之點在于：始終站在歷史的基礎上，不是從觀念出發來解釋實踐，而是從物質出發解釋觀念的東西。隨著生產方式的變更，人類從農牧業進人早期工業化社會―蒸汽機時代。由于事故與災害類型的復雜多樣和事故嚴重性的擴大，人類進人局部安全認識階段，哲學上反映出：從事故與災難的經歷上來認識人類安全，有了與事故抗爭的意識，學會了“亡羊補牢”的手段，是一種頭痛醫頭、腳痛醫腳的對策。如發生事故后原因不明不放過、當事人未受到教育不放過、措施不落實不放過、責任人未受到處罰不放過的“四不放過”原則；事故統計學的致因理論研究；事故整改對策的完善，管理中的事故賠償與事故保險制度等事故對策。
3 ．辯證唯物思想
辯證唯物法是馬克思主義哲學的重要組成部分，是貫徹于全部哲學理論的靈魂，對安全科學也具有重要的指導作用。唯物辯證法的三個基本規律（對立統一規律、質量互變規律、否定之否定規律）和五對范疇（原因和結果、必然性和偶然性、可能性和實現性、內容和形式、現象和本質）對安全科學的研究進步與發展起到了重要的推動作用。例如，安全與事故就是對立統一的兩個方面，安全是為了不發生事故，有了事故才需要安全；事故是有其必然性和偶然性的，只要掌握了事故的必然性和偶然性，就能夠有效地防止事故的發生。在物流安全中，將安全科學、物流科學及哲學的思想綜合運用于物流系統，發掘物流安全的本質和普遍規律，以期產生最大的社會效益和經濟效益。